FASTA2STRUCTURE: uma ferramenta de fácil utilização para converter multiplos alinhamentos Fasta para o formato do STRUCTURE

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Trabalho de Curso - Graduação - Artigo

Data

15-12-2023

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GUIMARÃES, Daphne Kemilly Santos. FASTA2STRUCTURE: uma ferramenta de fácil utilização para converter multiplos alinhamentos Fasta para o formato do STRUCTURE. Orientador: Adam Rick Bessa da Silva; Coorientadora: Carla Denise Bessa de Brito. 2023. 16 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Ciências Biológicas) – Faculdade de Ciências Biológicas. Instituto de Estudos Costeiros, Campus Universitário de Bragança, Universidade Federal do Pará, Bragança-PA, 2023. Disponível em: https://bdm.ufpa.br/handle/prefix/8525. Acesso em: .
O software STRUCTURE tem ganhado popularidade como ferramenta para estrutura populacional e análise genética. No entanto, formatar dados para atender aos requisitos específicos do STRUCTURE pode ser extremamente complicado e suscetível a erros, especialmente ao lidar com dados multilocus. Este artigo destaca a criação de um aplicativo de interface gráfica do usuário (GUI) adaptado para agilizar o processo de conversão de vários alinhamentos de sequência em um único arquivo coeso que é compatível com o STRUCTURE. O aplicativo foi desenvolvido utilizando Tkinter para GUI e Biopython para manipulação de arquivos FASTA. Este programa processa os arquivos, identifica sites variáveis e converte as sequências em um formato binário. Posteriormente, as sequências são concatenadas e apresentadas dentro da área de texto da interface gráfica, permitindo que os usuários revisem e confirmem os resultados. Além disso, o programa armazena os resultados concatenados em um arquivo, entregando uma entrada pronta para uso para o software STRUCTURE. Esta aplicação oferece uma solução eficiente e confiável para transformar vários arquivos FASTA alinhados em um arquivo de formato binário concatenado, que é compatível com o software STRUCTURE. Com sua interface gráfica amigável e abordagem de redução de erros, esta ferramenta se mostra inestimável para pesquisadores que desenvolvem pesquisas no campo de estrutura populacional e análise genética.

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Disponível na internet via Sagitta