Fatores de transcrição em cianobactérias: predição por genômica comparativa

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dc.contributor.advisor-co1OLIVEIRA, Renato Renison Moreira
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4392006636286456pt_BR
dc.contributor.advisor1COUTO, Danielle Costa Carrara
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4583227212550116pt_BR
dc.creatorXAVIER JUNIOR, Roberto Brito
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/1424997591627538pt_BR
dc.date.accessioned2019-05-16T13:15:10Z
dc.date.available2019-05-16T13:15:10Z
dc.date.issued2018-03-01
dc.description.abstractThe advancement of molecular biology in the last decades is available, allowing the creation of databases and analysis tools, with the objective of sequencing genomes and knowing their genes. Transcription factors are a group of genes, and studying them is of great importance for research into the evolutionary history of organisms and their characteristics. As cyanobacteria are an ancient group of bacteria and still little know their transcription factors. In this work, we used a base composed of 52 complete cyanobacterial genomes obtained from non-NCBI, and a base of 1288 putative transcription factors identified from 21 fully sequenced cyanobacteria genomes available without cTFbase database. Several techniques applied to implement an automatic and comprehensive pipelin using a combination of software such as AUGUSTUS and HMMER to discover new transcription factors through prediction by comparative genomics in cyanobacteria that are published in databases public, but are not annotated, helping in the evolutionary analysis of organisms and their characteristics. The pipeline obtained important results in the discovery of transcription factors in new cyanobacteria genomes and in the identification of new transcription factors in 8 cyanobacteria that were not identified by cTFbase.pt_BR
dc.description.resumoO avanço da biologia molecular nas últimas décadas permitiu que grandes quantidades de dados tornarem-se disponíveis, possibilitando a criação de bancos de dados e ferramentas de análise, com o objetivo de sequenciar genomas e conhecer seus genes. Os fatores de transcrição são um grupo de genes, e estudá-los é de grande importância para a investigação da história evolutiva dos organismos e suas características. As cianobactérias são um antigo grupo de bactérias e ainda pouco se sabe sobre seus fatores de transcrição. Neste trabalho, utilizou-se uma base composta por 52 genomas completos de cianobactérias obtidos no NCBI, e uma base de 1288 fatores de transcrição putativos identificados a partir de 21 genomas de cianobactérias completamente sequenciados disponíveis no banco cTFbase. Várias técnicas foram aplicadas para implementar um pipeline automático e abrangente usando uma combinação de softwares como AUGUSTUS e HMMER a fim de descobrir novos fatores de transcrição, por meio da predição por genômica comparativa, em cianobactérias que estão publicadas em bancos de dados públicos, mas não estão anotados, ajudando na análise evolutiva dos organismos e suas características. O pipeline obteve resultados importantes na descoberta de fatores de transcrição em novos genomas de cianobactérias, e também na identificação de novos fatores de transcrição em 8 cianobactérias que não foram identificados pelo cTFbase.pt_BR
dc.identifier.citationXAVIER JUNIOR, Roberto Brito. Fatores de transcrição em cianobactérias: predição por genômica comparativa. Orientadora: Danielle Costa Carrara Couto. 2018. 46 f. Trabalho de Curso (Bacharelado em Sistema de Informação) – Faculdade de Computação, Instituto de Ciências Exatas e Naturais, Universidade Federal do Pará, Belém, 2018. Disponível em: http://bdm.ufpa.br/jspui/handle/prefix/1338. Acesso em:.
dc.identifier.urihttp://bdm.ufpa.br/jspui/handle/prefix/1338
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.source1 CD-ROMpt_BR
dc.subjectCianobactériaspt_BR
dc.subjectFatores de transcriçãopt_BR
dc.subjectBanco de dados biológicospt_BR
dc.subjectGenômicapt_BR
dc.subjectComparativapt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAOpt_BR
dc.titleFatores de transcrição em cianobactérias: predição por genômica comparativapt_BR
dc.typeTrabalho de Curso - Graduação - Monografiapt_BR

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