Faculdade de Engenharia da Computação - FECOMP/CAMTUC
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Navegando Faculdade de Engenharia da Computação - FECOMP/CAMTUC por Orientador "VERAS, Adonney Allan de Oliveira"
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Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos(2024-09-19) SANTOS, Victória Cardoso dos; TEIXEIRA, Otávio Noura; http://lattes.cnpq.br/5784356232477760; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590O desenvolvimento das ciências ômicas foi muito influenciado pelas tecnologias de sequenciamento. No entanto, o grande volume de dados gerados por essas tecnologias torna necessário o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para processamento e análise, principalmente na montagem do genoma. Duas abordagens principais são comumente usadas para montagem: montagem baseada em referência, que mapeia as leituras de sequenciamento em relação a um genoma de referência, e montagem de novo, que executa a montagem sem uma referência. Técnicas de montagem de novo incluem Overlap Layout-consensus, grafo De Bruijn e algoritmos gulosos. Embora inúmeras ferramentas tenham sido desenvolvidas ao longo dos anos, os desafios persistem, incluindo resultados de montagem fragmentados e contigs redundantes. Como resultado, surgiram novos métodos, como estratégias de montagem híbrida que combinam resultados de diferentes montadores. No entanto, as ferramentas existentes que utilizam essa estratégia geralmente envolvem linhas de comando extensas e complexas. O GenTreat é um pipeline computacional com uma interface gráfica intuitiva, foi desenvolvido para montagem híbrida automatizada de genomas procarióticos, realiza a montagem usando dois montadores, mescla os resultados e, em seguida, ordena e anota o genoma montado. A validação usando leituras brutas de 61 organismos demonstrou que é uma alternativa viável para montagem híbrida automatizada, eliminando a necessidade do uso de extensas linhas de comando. A ferramenta está disponível em: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) ReNoteWeb: plataforma web para melhoramento de montagem e enriquecimento da anotação de genomas procariotos(2022-04-04) MOIA, Gislenne da Silva; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590A redução do tempo e custos para realizar o sequenciamento de DNA, resultou no aumento significativo no depósito de informações biológicas em bancos de dados públicos, como NCBI (National Center for Biotechnology Information). Além disso, impulsionou a genômica, assim como inúmeras outras análises das ciências ômicas. A produção de grande volume de dados por execução culminou na necessidade do desenvolvimento de algoritmos capazes de manusear estas informações e auxiliar nas análises, a exemplo, tem-se a montagem e anotação de genomas procariotos. Ao longo dos anos, vários pipelines e ferramentas computacionais foram desenvolvidos com o objetivo de automatizar essa tarefa e consequentemente reduzir o tempo total para se conhecer o conteúdo gênico de um determinado organismo, principalmente de organismos não-modelo, e colaborar com a identificação de possíveis alvos com aplicabilidade biotecnológica. No caso das ferramentas de anotação automática, observa-se a alta acurácia dos resultados. Entretanto, isto não exime de se realizar o processo de curadoria manual, onde as informações inferidas no processo automático são checadas e enriquecidas pelos curadores. Esta tarefa demanda um tempo que é diretamente proporcional à quantidade de produtos gênicos do organismo alvo do estudo. Com o intuito de auxiliar neste processo é apresentado a ferramenta web denominada ReNoteWeb, dotada de uma interface simples e intuitiva, para realização do processo de melhoria da montagem com a possibilidade de identificar produtos ausentes da sequência genômica original ou resultado obtido em montagem prévia. Além disto, o ReNoteWeb é capaz de realizar o processo de anotação de todos os produtos, baseado em informações obtidas em bases de dados externas de alta acurácia. A engine responsável pela realização do tratamento dos dados foi desenvolvida em JAVA e a plataforma web utiliza os recursos do framework Yii, a anotação produzida por esta plataforma visa redução do tempo total no processo de curadoria manual. Para validação da ferramenta, foram utilizados vinte organismos. A eficiência foi constatada por meio da comparação da anotação desses mesmos organismos disponíveis no banco de dados do NCBI e anotação realizada na plataforma RAST. A ferramenta está disponível em: http://biod.ufpa.br/renoteweb/.